Il existe une seule contre-indication absolue: la psychose aiguë ou la décompensation de pathologie du spectre psychotique ou bipolaire (BDA, décompensation schizophrénique, phase maniaque, psychose puerpérale).
Par ailleurs, l'hypnose sur des pathologies psychiatriques lourdes en phase d'équilibre (Schizophrénie, trouble bipolaire) devrait être réservée à un psychiatre.
Il n'y a pas de véritable contre-indication par ailleurs, même si certaines pathologies semblent mieux réagir à une association d'hypnose et de psychothérapie autre.